Analysmetoden avgörande för korrekt resultat vid forskning om coronavirus

- Vi var intresserade av att använda vår nya avancerade beräkningsmetod av interaktioner på ytor, som Patrik Forssén, doktor i databehandling, utvecklat i samarbete med oss för att bidra till en bättre förståelse av Covid-19 infektionsmekanismerna, säger Torgny Fornstedt, professor i analytisk kemi. Men vi hade inte möjlighet göra Covid-19 experiment på kort varsel inklusive att ta hänsyn till alla säkerhetsaspekter, dessutom behövde vi ett testfall till ansökningar.

- Vi kom då på att vi kan ta rykande färska data från redan publicerade studier, bland annat den mycket välrenommerade tidskriften Nature, och såg då att de räknar fel kring covid-19-analysen, i vissa fall upp till 300 procent fel säger Jörgen Samuelsson, docent i kemi.

Era publicerade resultat har väckt en del uppmärksamhet
- Ja vi har nu redan ett par veckor efter publikation börjat nå 1 500 läsningar rapporterade från förlaget, vilket de säger är ovanligt mycket, säger Torgny Fornstedt.

Hur kunde ni jämföra era analyser med de som redan gjorts?
- Allt började med att vi uppmärksammade att de färska publikationerna rapporterade alla endast en kontaktyta mellan viruset och receptorerna på människokroppen och vi misstänkte starkt att det berodde på förenklad databearbetning, säger Torgny Fornstedt. Jag har nyligen skrivit en krönika om vikten av djupare kunskaper inom analys och faran med att utrusta analysinstrument med förenklade utvärderingsprogram, vilket i sin tur beror på att instrumenten säljer bättre med användarvänliga mjukvaror som är lätta att använda. Vi kontaktade författarna för ett par av artiklarna med våra farhågor och de skickade oss sina mätdata. Vi fann då att om man använder våra mer detaljerade analysmetoder får man ett helt annat resultat av covid-19-analyserna.

Har fler forskare varit med i arbetet?
- Ja, en forskargrupp består normalt av en professor och hens doktorander, men vi är huvudsakligen ett team av seniora forskare som hela tiden stöter och blöter idéer, säger Torgny Fornstedt. Förutom mig och Jörgen så är två andra seniorer, Patrik Forssén och Karol Lacki, nyutnämnd adjungerad professor, också med. Det var ett teamarbete, men Patrik gjorde själva beräkningarna och idén att göra en liten snabb artikel, ett så kallat Letter var Jörgens. Med våra analysmetoder kan man se att den mycket komplexa Coronamolekylen interagerar i kroppen på många olika sätt. Verkligheten är alltså inte så homogen som den kan te sig om man använder enklare analysmetoder. Det vi sett är intressant eftersom det kan ha stor betydelse för fortsatt forskning. Med våra avancerade databehandlingsmetoder kan vi bidra med viktiga pusselbitar för att förstå hur Covid-19 tar sig in i kroppen.

Källa: Karlstads universitet

Läs artikeln Advanced Analysis of Biosensor Data for SARS-CoV‑2 RBD and ACE2
Interactions publicerad i Analytical Chemistry.

Läs Torgny Fornstedts krönika Analytisk kemi måste hitta tillbaka till sina rötter publicerad i Life Science Sweden.