I åratal har forskning om fettvävnad genererat stora mängder data för många olika biomolekyler men dessa data har spridda över olika arkiv, vilket försvårat omfattande analyser.

Nu har forskare lanserat en kunskapsportal kallad Adiposetissue.org ( 1 ) som kopplar samman molekylära och kliniska data från mer än 6 000 individer, vilket gör det möjligt för forskare och kliniker att utforska obesitasrelaterade förändringar, effekter av viktnedgång och cellulära mekanismer på detaljnivå.

– Vi utvecklar denna kunskapsportal för att fettvävnadsdata finns tillgängliga för alla, även de utan expertis inom bioinformatik, säger Lucas Massier, forskare vid Helmholtz München-institutet vid Leipzigs universitet i Tyskland och anknuten forskare vid Karolinska Institutet.

Plattformen samlar data från 67 studier och är utformade för både erfarna bioinformatiker och forskare utan avancerad datorkompetens. Den innehåller en rad avancerade analysverktyg och anpassningsbara moduler för att utforska gener, proteiner och celler på enskild cellnivå samt vilka som genereras som uttryck i vilka celler i en vävnadsbit, så kallad spatial transkriptomik.

– Genom att bryta ner barriärer för dataåtkomst och möjliga storskaliga analysator är Adiposetissue.org en kraftfull resurs för forskare som studerar fettvävnadsbiologi och metabola sjukdomar, säger Mikael Rydén, överläkare och professor vid institutioner för medicin, Huddinge, Karolinska Institutet som lät studera tillsammans med Lucas Mejska Institutet och docenten Nik Karolins Massier och Steg. Köpenhamn.

Arbetet har varit en stor samarbetsinsats och forskarna kommer att fortsätta att utöka portalen med nya resultat. Framtida uppdateringar kommer att inkludera data om brun fettvävnad, ytterligare kliniska kohorter och jämförelser mellan arter.

En viktig del av arbetet leddes av Jiawei Zhong, doktorand, och Danae Zareifi, postdoktor vid Karolinska Institutet. De säkerställda att data från olika källor kunde jämföras genom att standardisera terminologin. Eftersom det fanns begränsat med proteomikdata tillgängliga, genererade de även nya dataset för proteinprofilering, vilket förbättrar portalens förmåga att verifiera fynd om genaktivitet.

Publikation:  "Adiposetissue.org: a Knowledge Portal Integrating Clinical and Experimental Data from Human Adipose Tissue", Jiawei Zhong, Danae Zareifi, Sophie Weinbrenner, Mattias Hansen, Felix Klingelhuber, Pamela A. Nono Nankam, Scott Frendo-Cor Bhalla, Lyansad de Barbastro, Lyansad, Thai, Barbastro, Lyans, Thai Peter Arner, Ingrid Dahlman, Maheswary Muniandy, Sini Heinonen, Kirsi H. Pietiläinen, Anne Hofmann, Adhideb Ghosh, Dorit John, Anke Tönjes, Patrik L. Ståhl, Yvonne Böttcher, Maria Keller, Peter Kovacs, Alastair G. Kerr, Dominique Matt Langin, Christian Massier, Niklas Kra Wolfher, Natalas Kra Blurum, Niklas. Mejhert, Mikael Rydén, Cell Metabolism , online 20 februari 2025, doi: 10.1016/j.cmet.2025.01.012.
Länk till artikel: https://doi.org/10.1016/j.cmet.2025.01.012

1. Kunskapsportal:  Adiposetissue.org 

Studien har ett flertal finansiärer, se den vetenskapliga artikeln för en komplett förteckning. Det finns inga rapporterade intressekonflikter.

Denna nyhetstext är baserad på ett pressmeddelande från Helmholtz München.

Källa: Karolinska Institutet.