den 23 juni 2021
Billig metod kan hitta nya varianter av coronaviruset
Forskare vid Karolinska Institutet har utvecklat en teknik för kostnadseffektiv övervakning av global spridning av nya sars-cov-2-varianter. Tekniken presenteras i den vetenskapliga tidskriften Nature Communications.
Sedan starten av pandemin har tusentals sekvenseringar av sars-cov-2-virusets hela arvsmassa genomförts för att påvisa virusets utveckling och globala spridning. Arvsmassan, genomet, behöver analyseras för att identifiera särskilt smittsamma eller farliga virusvarianter och varianter som befintliga vacciner inte fungerar mot.
För att den globala övervakningen av sars-cov-2 ska fungera är det viktigt att kunna sekvensera och analysera många prover på ett kostnadseffektivt sätt. Därför har forskare vid Bienko-Crosetto-laboratoriet vid Karolinska Institutet och Science for Life Laboratory (SciLifeLab) utvecklat en ny billig metod, COVseq, som kan användas för övervakning av virusets arvsmassa i massiv skala.
I ett första steg skapas mängder med kopior av virusets arvsmassa med hjälp av så kallad multiplex PCR (polymeraskedjereaktion). Sedan märks proverna och slås samman i ett sekvenseringsbibliotek med hjälp av en metod som tidigare har utvecklats i Bienko-Crosetto-laboratoriet och som nu anpassats för sars-cov-2-analys.
– Genom att utföra reaktioner i mycket små volymer och slå samman hundratals prover i samma sekvenseringsbibliotek skulle vi kunna sekvensera tusentals virusgenom per vecka till en kostnad lägre än 15 dollar per prov, säger Ning Zhang, tidigare postdok vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, Karolinska Institutet, som är delad förstaförfattare tillsammans med doktoranderna Michele Simonetti och Luuk Harbers verksamma vid samma institution.
Jämförande analyser av 29 sars-cov-2-positiva prover visade att COVseq har likande förmåga som standardmetoden att hitta små förändringar i arvsmassan. Analyser av ytterligare 245 prover visade att metoden även har hög förmåga att upptäcka särskilt oroväckande virusvarianter. Men den viktigaste fördelen med COVseq jämfört med befintliga metoder är dess kostnadseffektivitet.
– Vår billiga metod skulle omedelbart kunna användas för sars-cov-2-övervakning av folkhälsoinstitut och kan dessutom enkelt anpassas till andra RNA-virus, som influensa- och denguevirus, säger Nicola Crosetto, forskare vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, Karolinska Institutet, och studiens sisteförfattare.
Källa: Karolinska Institutet
Studien gjordes i samarbete med forskare vid sjukhuset 'Amedeo di Savoia' och Candiolo Cancer Institute i Turin, Italien. Forskningsprojektet har fått bidrag från det nationella covid-19-forskningsprogrammet vid SciLifeLab, finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, samt från Stiftelsen för Strategisk Forskning och privata donationer från Chiesi Pharma AB och Tetra Pak AB. Forskarna uppger att det inte finns några intressekonflikter.
Publikation: “COVseq is a cost-effective workflow for mass-scale SARS-CoV-2 genomic surveillance”. Michele Simonetti, Ning Zhang, Luuk Harbers, Maria Grazia Milia, Silvia Brossa, Thi Thu Huong Nguyen, Francesco Cerutti, Enrico Berrino, Anna Sapino, Magda Bienko, Antonino Sottile, Valeria Ghisetti and Nicola Crosetto. Nature Communications, online 23 juni 2021, doi: 10.1038/s41467-021-24078-9.
Annonser
